Η EFSA διοικείται από το Διοικητικό Συμβούλιο του οποίου τα μέλη έχουν εντολή να ενεργούν προς το δημόσιο συμφέρον. Η καθημερινή λειτουργία της EFSA είναι ευθύνη του Εκτελεστικού Διευθυντή και της Ομάδας Διοίκησης.

Το Διοικητικό Συμβούλιο (Management Board) είναι το διοικητικό όργανο της EFSA και διασφαλίζει ότι η EFSA λειτουργεί αποτελεσματικά και αποδοτικά, εκπληρώνει την αποστολή που της έχει δοθεί σύμφωνα με τον ιδρυτικό της νόμο και ανταποκρίνεται στις προσδοκίες των ευρωπαϊκών και εθνικών θεσμικών οργάνων, των ενδιαφερόμενων μερών και του κοινού. Τα βασικά καθήκοντα του Διοικητικού Συμβουλίου είναι:

• να εγκρίνει τον προϋπολογισμό και τα προγράμματα εργασίας της EFSA και να παρακολουθεί την εφαρμογή τους.
• να διορίζει τον εκτελεστικό διευθυντή και τα μέλη της επιστημονικής επιτροπής και των επιστημονικών ομάδων.
• να διασφαλίζει ότι οι προτεραιότητες της EFSA συνάδουν με την εντολή και τις βασικές αποστολές της.
• να διασφαλίζει την κατάλληλη δημοσιονομική διαχείριση και λογοδοσία.

Οι αποφάσεις του Διοικητικού Συμβουλίου λαμβάνονται με την πλειοψηφία των μελών του.

Το Διοικητικό Συμβούλιο αποτελείται από τους εκπροσώπους των 27 κρατών μελών (και τους αναπληρωτές τους), 4 εκπροσώπους της κοινωνίας των πολιτών και των συμφερόντων της αλυσίδας τροφίμων (και τέσσερεις αναπληρωτές), 2 εκπροσώπους της Ευρωπαϊκής Επιτροπής (και δύο αναπληρωτές), 2 εκπροσώπους του Ευρωπαϊκού Κοινοβουλίου (χωρίς αναπληρωτές), 2 εκπροσώπους των χωρών ΕΖΕΣ/ΕΟΧ και 1 εκπρόσωπο της Εποπτεύουσας Αρχής της ΕΖΕΣ (και αναπληρωτές).

Συνολικά, το διοικητικό συμβούλιο απαρτίζεται από 38 τακτικά και 36 αναπληρωματικά μέλη.

Η Ελλάδα εκπροσωπείται στο Διοικητικό Συμβούλιο από τον Καθηγητή Αντώνιο Ζαμπέλα, Πρόεδρο του Ε.Φ.Ε.Τ και αναπληρώνεται από τον Καθηγητή Γεώργιο – Ιωάννη Νυχά.Τα τακτικά και τα αναπληρωματικά μέλη προτείνονται και διορίζονται βάσει της σχετικής πείρας και τεχνογνωσίας τους στο πεδίο της νομοθεσίας και της πολιτικής για την αλυσίδα τροφίμων, συμπεριλαμβανομένης της αξιολόγησης του κινδύνου. Οι εκπρόσωποι των κρατών μελών προτείνονται από τα οικεία κράτη μέλη και διορίζονται από το Ευρωπαϊκό Συμβούλιο. Οι εκπρόσωποι της κοινωνίας των πολιτών και των συμφερόντων της αλυσίδας τροφίμων διορίζονται από το Ευρωπαϊκό Συμβούλιο σε διαβούλευση με το Ευρωπαϊκό Κοινοβούλιο από κατάλογο που καταρτίζει η Ευρωπαϊκή Επιτροπή. Οι εκπρόσωποι των θεσμικών οργάνων της Ε.Ε. και των χωρών ΕΖΕΣ διορίζονται απευθείας από τα οικεία θεσμικά όργανα και χώρες.

Ο Διευθύνων Σύμβουλος (Executive Director). Είναι ο νόμιμος εκπρόσωπος της Αρχής. Είναι υπεύθυνος για όλα τα επιχειρησιακά θέματα, τα θέματα στελέχωσης, την προετοιμασία του ετήσιου προγράμματος εργασίας σε διαβούλευση με την Ευρωπαϊκή Επιτροπή, το Ευρωπαϊκό Κοινοβούλιο και τα Κράτη Μέλη της Ε.Ε.

Το Συμβουλευτικό Σώμα (Advisory Forum). Απαρτίζεται από εκπροσώπους των αρμόδιων φορέων που έχουν καθήκοντα παρεμφερή με αυτά της EFSA από τα Κράτη Μέλη, την Ισλανδία και τη Νορβηγία. Η Ελβετία και η Ευρωπαϊκή Επιτροπή συμμετέχουν στο εν λόγω σώμα ως παρατηρητές. Το Συμβουλευτικό Σώμα συνδέει την EFSA με τις Εθνικές Αρχές για την ασφάλεια των τροφίμων. Μέσω του Συμβουλευτικού Σώματος, τα Κράτη Μέλη παρέχουν συμβουλές στην EFSA σε επιστημονικά θέματα, στον προγραμματισμό των εργασιών και στις προτεραιότητες που τίθενται κατά την διαχείριση των αιτημάτων για την παροχή επιστημονικών γνωμοδοτήσεων, καθώς και στην έγκαιρη αντιμετώπιση των αναδυόμενων κίνδυνων. Στο Συμβουλευτικό Σώμα η Ελλάδα εκπροσωπείται από τον Ε.Φ.Ε.Τ.

Η Επιστημονική Επιτροπή και οι Επιστημονικές Ομάδες. Η Επιστημονική Επιτροπή (Scientific Committee) και οι μόνιμες Επιστημονικές Ομάδες (Scientific Panels), καθεμία με διαφορετικό πεδίο αρμοδιοτήτων, είναι υπεύθυνες για την εκπόνηση μελετών αξιολόγησης επικινδυνότητας και επιστημονικών γνωμοδοτήσεων που στηρίζουν το έργο της EFSA. Και οι δύο αυτοί μηχανισμοί επανδρώνονται από ανεξάρτητους επιστήμονες υψηλών προσόντων μέσα από μία ανοικτή διαδικασία επιλογής. Οι Επιστημονικές Ομάδες της EFSA καλύπτουν τα εξής πεδία:

• ANS Panel, με θέμα τις πρόσθετες ύλες των τροφίμων και τις πηγές θρεπτικών συστατικών που προστίθενται στα τρόφιμα
• CEF Panel, με θέμα τα υλικά που έρχονται σε επαφή με τα τρόφιμα καθώς και τα ένζυμα, τα αρτύματα και τα βοηθητικά μέσα επεξεργασίας
• FEEDAP Panel, με θέμα στις πρόσθετες ύλες και τα προϊόντα ή ουσίες που χρησιμοποιούνται στις ζωοτροφές
• PLH Panel, με θέμα την υγεία των φυτών
• PPR Panel, με θέμα τα προϊόντα φυτοπροστασίας και τα κατάλοιπά τους
• GMΟ Panel, με θέμα τους γενετικά τροποποιημένους οργανισμούς
• NDA Panel, με θέμα τα διαιτητικά προϊόντα, τη διατροφή και τις αλλεργίες
• BIOHAZ Panel, με θέμα στις βιολογικές πηγές κινδύνου, συμπεριλαμβανομένων των κινδύνων που αφορούν στις σπογγώδεις εγκεφαλοπάθειες βοοειδών, αιγοπροβάτων και άλλων ζώων (BSE-TSE)
• CONTAM Panel, με θέμα τις μολυσματικές προσμείξεις στην τροφική αλυσίδα
• AHAW Panel, με θέμα την υγεία και την καλή διαβίωση των ζώων
• SCER, με θέμα την ανάπτυξη εναρμονισμένων μεθοδολογιών για αξιολόγηση επικινδυνότητας σε οριζόντια επιστημονικά θέματα που εντάσσονται στο πεδίο αρμοδιότητας της EFSA, για τα οποία δεν έχουν ακόμα καθορισθεί οι προσεγγίσεις σε ευρωπαϊκό επίπεδο. 

Συνεργασία της EFSA με τα κράτη μέλη